Marigny-les-Usages est une commune exposée à un climat océanique altéré. Son territoire est traversé par la rivière Bionne et deux autres petits cours d'eau. Elle présente un patrimoine naturel notable, incluant un site Natura 2000 et une zone naturelle d'intérêt écologique. Le site désigné "forêt d'Orléans et périphérie" est une zone spéciale de conservation valorisée pour ses habitats humides comme les étangs et les tourbières. Située dans la région agricole de l'Orléanais, elle se trouve à proximité d'Orléans et fait partie de son aire d'attraction. Ses communes voisines les plus proches incluent Boigny-sur-Bionne.
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