Fontenay-le-Comte est une sous-préfecture située dans l'Ouest de la France. Son territoire présente un relief globalement vallonné, à l'exception du quartier des Loges qui se trouve sur une zone alluviale. La ville est établie sur un coteau. Elle est limitrophe de huit autres communes : Auchay-sur-Vendée, Doix lès Fontaines, Longèves, L'Orbrie, Pissotte, Saint-Martin-de-Fraigneau, Saint-Michel-le-Cloucq et Xanton-Chassenon. Elle se situe dans le sud de son département, à des distances variables de plusieurs villes comme Niort au sud-est, La Rochelle au sud-ouest, ou Luçon à l'ouest.
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